Az önellenőrzés eljárásjogi alapját az  Art. 49. § (1) bekezdése adja, mely szerint az önadózás útján megállapított vagy megállapítani elmulasztott adót, adóalapot – az illeték kivételével, ide nem értve a pénzügyi tranzakciós illetéket, valamint a bírósági eljárási illeték utólagos elszámolásának engedélyével rendelkező adózó bevallását – és a költségvetési támogatást az adózó helyesbítheti. 
Ha az adózó az adóhatóság ellenőrzésének megkezdését megelőzően feltárja, hogy az adóalapját, az adót, a költségvetési támogatást nem a jogszabálynak megfelelően állapította meg, vagy bevallása számítási hiba vagy más elírás miatt az adó, költségvetési támogatás alapja, összege tekintetében hibás, bevallását önellenőrzéssel módosíthatja. 

Ugyanezen jogszabályhely két fontos kiegészítő rendelkezést is tartalmaz. Egyrészt nincs helye önellenőrzésnek, ha az adózó a törvényben megengedett választási lehetőséggel jogszerűen élt, és ezt az önellenőrzéssel változtatná meg. Másrészt az adózó az adókedvezményt utólag önellenőrzéssel érvényesítheti, illetőleg veheti igénybe.

A társasági adó szempontjából az önellenőrzés gyakorolhatósága szempontjából meg kell különböztetni az adókedvezményeket (Tao tv. 22–23. §), illetve az adóalap-kedvezményeket (adóalap csökkentő tételeket, Tao. tv. 7. §), mivel ezek tekintetében alapvetően eltérően érvényesülnek az önellenőrzés fentiekben hivatkozott szabályai.

Az adókedvezmények tekintetében a Tao. tv. (mint anyagi jogi jogszabály) 29/D. § (11) bekezdése akként rendelkezik, hogy az e törvényben meghatározott adókedvezmény érvényesítésére kizárólag az adóbevallásban, az adózónak a bevallás benyújtásáig meghozott döntése alapján van lehetőség. Az adókedvezményeket főszabály szerint tehát önellenőrzéssel nem lehet érvényesíteni. 

Amennyiben az adózó vett igénybe adókedvezményt, de későbbi önellenőrzése során növekszik a számított adója, és így a kérdéses adókedvezményt magasabb összegben vehetné igénybe, akkor ezt megteheti, mivel az említett § (16) bekezdése szerint amennyiben az adózó döntése arra irányul, hogy a fizetendő adója az őt megillető adókedvezmények teljes körű kihasználásával kerüljön megállapításra, akkor ezt az önellenőrzés és az adóellenőrzés során is figyelembe kell venni.

Az adóalap-kedvezmények kapcsán a fentiekhez hasonló generális korlátozó rendelkezést a Tao. tv. nem tartalmaz, ezekben az esetekben az önellenőrzésnek az Art. 49. § (1) bekezdésében írt szabályai érvényesülnek. Tekintettel kell lenni azonban a fentiekben már hivatkozott azon korlátozásra, mely szerint az adózó a korábbi jogszerű választását később önellenőrzéssel sem változtathatja meg. 

Ennek azért van jelentősége, mert számos adóalap-csökkentő tétel kapcsán tartalmaz a jogszabály olyan szófordulatot, hogy azt az adóalany „választása szerint”, „döntése szerint” stb. veheti igénybe. Ezeket a rendelkezéseket a hatósági jogértelmezés – némileg szűkítő módon – úgy értelmezi, hogy ilyen esetekben egyáltalán nem érvényesíthető utólag önellenőrzéssel a kedvezmény, tekintettel arra, hogy ezzel jogszerű választását változtatná meg az adózó.

Példának okáért a K+F költségekkel kapcsolatos adóalap-csökkentő tétel akár önellenőrzéssel is igénybe vehető, míg a jogdíjakra vonatkozó adóalap-kedvezmény főszabály szerint csak az alapbevallásban érvényesíthető.