Az új szabályrendszer egyik legnagyobb változása, hogy kötelezően kétszintű dokumentációt szükséges készíteni (fődokumentum és helyi dokumentum), szemben a korábbi, önálló nyilvántartás készítésének lehetőségével. Továbbá, a korábbi önálló és közös nyilvántartásra vonatkozó követelmények is jelentősen kibővültek az új NGM rendeletben, így a többlet információkat is megfelelően be kell építeni a helyi dokumentumba a mulasztási bírság elkerülése érdekében.
 
Az eddigi tapasztalatokból kiindulva a legnagyobb kockázatot nem elsősorban a mulasztási bírság kiszabása és annak mértéke jelenteni a társaságok számára, sokkal inkább a nyilvántartás tartalmi vizsgálatából adódó esetleges megállapítások, kiigazítások. Az adóhatóság által nyilvánosan közzétett tájékoztatók alapján ugyanis egyértelműen kirajzolódik, hogy az adóhatóság elvárásai jóval összetettebbek a nyilvántartásban bemutatandó egyes információkat, különösen a funkcionális és kockázati elemzést illetően. 
Az adóhatóság ellenőrzési gyakorlatát és az egységes szakmai álláspontjának kialakítását segíti a NAV Központi Irányítása alatt létrejött, ún. Transzferár-ellenőrzési Módszertani Osztály is, amely folyamatosan konzultál és bocsát ki különféle iránymutatásokat az adóhatóság szervezetén belül, országosan.
Az adóhatóság tervei szerint 2019-ben több mint háromszor annyi transzferár célú ellenőrzés lefolytatása várható, mint a 2018. évben. Mindez, illetve a 2019. évi nyilvánosan elérhető ellenőrzési irányelv alapján a transzferárazás továbbra is az adóhatóság kiemelten fontos vizsgálati területei közé tartozik.